冷藏集裝箱按運輸方式可以分為鐵路、公路、海運及航空冷藏集裝箱等；按制冷方式可以分為保溫、機械制冷、外加冷源冷藏集裝箱等。
（1）保溫集裝箱。這種集裝箱箱體具有良好的隔熱性能，無任何制冷裝置，不能臨時進行補冷，適用于短途運輸。
（2）外置式保溫集裝箱。這種集裝箱箱內也無任何制冷裝置，隔熱性能很強，箱的一端有軟管連接器，可與船上或陸上供冷站的制冷裝置連接，使冷氣在集裝箱內循環，實現制冷效果，一般能保持-25℃的冷藏溫度。這種集裝箱集中供冷，箱體容積利用率高，自重輕，使用時機械故障少。但是它必須由設有專門制冷裝置的船舶裝運，使用時箱內溫度不能單獨調節。
（3）內藏式冷藏集裝箱。這是一種配有制冷裝置的保溫箱，通過制冷裝置提供冷源，制冷機組安裝在箱體的一端，冷風通過風機從一端送入箱內。如果箱體過長，則采用兩端同時送風的方式，以保證箱內溫度均勻。為了加強換熱，可采用下送上回的冷風循環方式。
（4）液氮和干冰冷藏集裝箱。這種集裝箱利用液氮或干冰制冷，以維持箱體內的低溫，這與前述的制冷方式相似。
