水冷式冷凝器對同時配有風冷式冷凝器和水冷式冷凝器制冷裝置的冷藏集裝箱來說，當冷藏集裝箱裝載在貨艙中時，可啟用水冷式冷凝器以解決冷藏集裝箱的散熱問題。但必須注意的是，由于冷藏集裝箱的壓縮機等散熱部件依然在放熱，因此在貨艙中還需要有一定量的通風散熱。為誠少對制冷裝置冷凝器的腐蝕，制冷裝置一般都采用淡水作為冷凝器的冷卻水，而淡水本身又由海水進行冷卻。