包裝在速凍之前或之后進行。凍結后的水果體積會有所增加，如加30%和50%濃度的糖漿時體積分別增加8.2%和5.2%，整個的或切碎的草莓分別增加3%和8%。這將使得凍結以后包裝的產品散裝容量比事先包裝的要低。

包裝水果的材料應能抵御弱酸、不漏液體：對趨向褐變和失去香味的水果，特別需要能隔絕空氣。可采用這樣的包裝：內包裝用耐低溫、透氣性低、不透水、無異味、無毒性、厚度為0.06~0.08mm的聚乙烯袋；外包裝用紙箱，每箱凈重10kg，紙箱表面必須防潮性能良好，內襯清潔蠟紙，外用膠帶紙封口。所有包裝材料在包裝前須在~10℃以下低溫間預冷。有條件的可采用真空包裝和裝袋。

包裝必須保證在-5℃以下低溫環境中進行，溫度在-4~-1℃以上時速凍水果會發生重結晶現象，品質極大地降低。由于速凍水果是解凍后直接食用的即食食品，衛生要求嚴格，包裝間在包裝前1h必須用紫外線燈滅菌，所有包裝用工器具，工作人員的工作服、帽、鞋、手均要定時消毒。工作場地及工作人員必須嚴格執行食品衛生標準，非操作人員不得隨意進入，以防止污染，確保衛生。