凍干裝置的清洗是保證醫用凍干制品質量的重要措施。

通常用軟化水或蒸餾水作清洗液。不要用帶酸基或堿基的去污劑或清洗劑清洗，因為用去污劑清洗后，再用軟化水洗滌，仍然可能留下微量的去污劑，這樣反而增加了凍干裝置腐蝕的危險或者在去污劑干燥后呈粉狀進人制品而污染制品。清洗的效果隨清洗劑溫度的升高而增加，但如污染物中含有蛋白質，溫度不應高于60℃。

清洗的方法，可用刷子手工洗刷；用噴槍手工噴射或者用在位清洗系統自動清洗。