恒溫冷庫對溫度的要求是比較嚴格的，各種食品都有各自的控溫指標，一般上下波動不得超過1℃，蒜墓則要求更加嚴格，要求低于0.5℃。由于區域空間溫差的客觀存在，恒溫冷庫儲存的食品必然受到不利影響，其危害主要有以下幾個方面：

由于區域空間溫差的存在，使一部分或者一大部分食品處于低于或者高于規定的指標溫度，從而造成一部分區域空間的食品儲溫較高，另一部分區域空間的食品儲溫較低，那些處于不適宜儲溫環境中的食品，在長期儲藏過程中逐漸發生不良的品質變化，使儲藏質量參差不齊，從而影響整體儲藏效果，降低食品儲藏價值。

處于溫度較低區域空間的食品極易發生大面積的低溫傷害。食品在儲藏中接近和達到其生理冰點，大都會發生不同程度的凍害。而這些食品對低溫相當敏感，一經凍害，將會完全喪失其食用價值，即便是較耐低溫的產品，經過凍傷后也會降低其食品的價值，從而造成不必要的經濟損失。一個儲藏蒜墓多年的恒溫庫，每年都有上萬千克或數萬千克蒜墓被凍壞，經濟損失很大，主要原因都是由于區域空間溫度差所致。

處于溫度較高區域的食品，其實際儲藏溫度都超過了規定的指標溫度。持續的超溫，使食品長期處于不良的儲藏環境中，從而必然使食品的呼吸強度增加，加速食品的成熟衰老過程，導致品質下降，甚至腐爛變質。同時，較高的溫度，極利于各種霉菌的生長繁殖，也會加重食品的危害。在恒溫庫內處于較高溫度區域的食品比處于正常溫度指標下的食品，儲藏時間要減少30~40天，食品損耗增加3%~5%，保鮮指數也會明顯下降。

由于區域空間溫度的高低差異，增加了所儲食品發生病理、生理病害的可能性。由于區域空間溫差形成低溫，會使部分食品不同程度地發生凍害和凍傷；溫差形成的高溫，又會使部分食品早衰，持續的高溫和溫差的頻繁變化，會使蘋果早發褐燙病，也會使在采摘、運輸、人庫的過程中造成的人為機械傷不易自我愈合，庫溫的不均衡也會使食品的地方病害加重和惡化。

區域空間的溫度差異在食品的氣調冷藏中，也會影響二氧化碳和氧氣的成分比例變化，而有些食品如蒜墓必須在冷藏中進行氣調儲藏，這種溫差變化不利于氣體指標的有效控制，從而降低了氣體調節儲藏的效果。