冷藏集裝箱的制冷，相當于一個單間或組裝式冷庫，所以它的制冷系統與單間冷庫、冷藏艙的制冷系統相似。其特點多為風冷冷凝機組，采用直接式吹風冷卻，箱內溫度調節范圍較大，一般可保持箱溫-18~12℃。必要時還可進行加熱。冷藏集裝箱的溫度控制常分為冷凍、冷卻和加熱三檔。冷藏集裝箱制冷裝置運行必須安全、可靠，裝置在-30~50℃環境中仍能正常工作。另外在自動溫度記錄、工況自動轉換、運行安全保護、故障預報顯示方面均有較高要求。

圖29-25所示為船用冷藏集裝箱制冷系統圖。系統設有半封閉式壓縮機、風冷冷凝器、直接式空氣冷卻器、熱力膨脹閥、貯液器(兼作回熱器)及過池-干燥器、液體視鏡等。為了適應箱內溫度調節，在系統中增設了熱氣旁通控制閥及電磁閥。系統中還設有高低壓及油壓控制器和送回風溫度控制、記錄等儀表。冷藏集裝箱制冷系統多采用電熱融霜，它由空氣冷卻器的微壓差控制器輸入信號，接通電熱器，使空氣冷卻器溫度升高，霜層融化，然后通過溫度控制器的作用，在溫度升高到15℃時切斷電熱器電源，融霜停止。系統融霜時，蒸發風扇停止，融霜結束，制冷系統自動轉入運行。

上述冷藏集裝箱制冷系統，為了適應不同冷凍工況和冷卻工況，在系統中增加了截止閥7、電磁閥8和回氣壓力調節閥9。它們在集裝箱運送冷卻鮮貨時工作，有效調節壓縮機回氣壓力，其實際作用是調節蒸發器內的壓力，以調節蒸發溫度，防止箱內溫度過低。