除人工費用外，運行成本主要包括能耗費和維護保養費。我國中央空調系統的冷源絕大部分采用電動式制冷機(包括活塞式、螺桿式和離心式)，其輔助設備如冷凍水泵、冷卻水泵、冷卻塔風機、風冷式冷凝器風扇等也均為電動式的，而熱源則形式多樣:有傳統的燃煤鍋爐和燃油、燃氣鍋爐，也有方便快捷的集中供熱和電鍋爐，還有兩用的空氣熱源熱泵和直燃式冷熱水機組等。不管熱源是何種形式，大多數中央空調系統的主要能耗還是用電。

由于建筑類別和地區不同，中央空調系統的耗電量約占總耗電量的18%~35%，單位建筑面積耗電量約為35~65W/m2。因此，降低中央空調系統運行成本的首要任務是想方設法減少用電量，同時也要盡量減少其他燃料(如煤、燃氣、燃油)的消耗量，以降低能源消耗費用。其次，在維護保養方面也要精打細算，盡量減少相關費用的開支。要通過精心操作、細致維護來延長易損件的使用壽命；通過定期的水質檢驗和監測情況來決定水質處理的合理用藥量；通過少量多次和細心檢測來適度加注潤滑油等。總之，通過嚴格、規范的管理來減少日常機物料的使用量，以減少相關費用的開支，達到降低運行成本的目的。

目前國內還普遍存在著中央空調制冷系統裝得起而用不起的情況，根本原因就是運行費用太高。有的單位空調系統基本閑置不用，不能充分發揮其應有作用。因此，努力降低運行成本是中央空調系統運行管理所要達到的重要目標。