離心式制冷機組存在一些缺點。例如它的排氣最和排氣壓力與葉輪尺寸和轉速保持一定的依存關系。由于葉輪的轉速很高，而尺寸受加工的限制往往不能造得太小。它的排氣量一般希望不小于2500m3/h，因此決定了離心式制冷機適用于較大的制冷量。

1.離心式壓縮機由于氣流速度高，在流道中的能量損失也很大。因此效率一般低于活塞式壓縮機。對小型機組尤為顯著。

2.由于轉速高，對材料的強度、加工精度和制造質量都提出了較高的要求，因而造價較高。離心式制冷機使用的材料，無論是殼體、葉輪、葉輪軸、隔板和迷宮等，均需使用高級合金鋼，而活塞式則一般多使用黑色金屬，同時在大多數情況下不能和電動機直聯，而要增添增速器。

此外，離心式制冷機的工況范圍比較狹窄。不宜采用較高的冷凝溫度和過低的蒸發溫度。